Na portaria, destaque para o primitivo teto mudéjar e para o pórtico gótico da igreja, ladeado pelas armas reais e pela divisa do monarca fundador, divisa que se repete nos tetos do claustro.

No claustro, de estilo gótico e abraçado por uma centenária glicínia, um belíssimo pórtico manuelino, decorado com largos florões, dá acesso ao panteão da família Soares de Alarcão, detentora da alcaidaria de Torres Vedras. A Sala do Capítulo alberga a galeria de retratos dos priores do convento, desde Frei António das Chagas.

Na igreja, destacam-se os altares de talha dourada, as pinturas sobre tábua e os painéis de azulejos figurativos, do século XVIII, presentes igualmente na sacristia. Na capela de Nossa Senhora do Sobreiro, impera a talha dourada, contrastando com o mármore policromado.

O Convento de Santo António do Varatojo está classificado como Monumento Nacional desde 1910.