Do lado esquerdo situa-se o cadeiral dos mesários da Santa Casa da Misericórdia e, do lado direito, o púlpito. Sobre a porta de acesso ao coro, um pequeno balcão permitia aos doentes do hospital assistir às cerimónias religiosas.
O coro alto está unido a uma mísula, que alberga um órgão de oito registos, datado de 1773, que parece poder atribuir-se ao galego Bento Fontanes. Após mais de dois séculos de inatividade, este instrumento de elevado valor histórico e artístico foi restaurado, em 2008, pelo mestre organeiro Dinarte Machado.
Sob os altares existe um esconso, onde a Misericórdia terá abrigado os soldados patuleias vencidos na batalha de Torres Vedras, em 1846.